Después de saber su pasado oscuro y su concepción artificial al final de Hitman: Codename 47, 47 se refugia en un monasterio de Sicilia. Intentando dejar atrás su cruel pasado comienza una nueva vida como un jardinero de iglesia.
Desafortunadamente, 47 tiene que retirarse de su "examen de conciencia", cuando su anfitrión y amigo, el Padre Francis Vittorio, es secuestrado por la Mafia. Desesperado por encontrar a su amigo, 47 contacta a la agencia que solía emplearlo, pidiendo ayuda. Ellos usan satélites espías para rastrear a Vittorio a la fortificada mansión del profesor universitario Giuseppe Giulliani. Luego, 47 se infiltra en la mansión en una intento de rescatar a Vittorio, matando a Giulliani en el proceso. Sin embargo, el Agente 47, para resolver el secuestro de Vittorio, solo cuenta con una única pista: que los secuestradores son "cuatro tipos barbudos y uniformados con aspecto de rusos".
La Agencia solicita un trabajo a cambio. 47 realiza otra vez asesinatos por el dinero, al principio para financiar la búsqueda del Padre Vittorio, pero finalmente sólo porque ha regresado a sus viejos hábitos. Los lugares visitados incluyen India, Japón, Nuristan, las Torres Petronas, Sicilia y San Petersburgo.